De la forma en que lo veo, si dos características a etiquetar están demasiado cerca una de la otra, entonces hay esencialmente tres opciones. Por defecto, QGIS omitirá una de las etiquetas. Si habilito la propiedad "mostrar todas las etiquetas", ya sea para la capa en cuestión o para la configuración de etiquetado global, se imprimirán las etiquetas superpuestas.
A menos que haya asignado columnas de datos para almacenar posiciones de etiquetas, entonces puedo resolver el conflicto moviendo una de las etiquetas a una mejor posición.
Mi problema es que considero que ni las etiquetas omitidas ni las etiquetas superpuestas son una solución adecuada. ¿Hay alguna forma de iterar sistemáticamente todas las etiquetas en conflicto, dándome la oportunidad de resolverlos manualmente moviendo una de las etiquetas, o quizás ocultando una de ellas?
Como la ubicación parece depender de la escala y la extensión del mapa, supongo que esto podría ser específico de un mapa dado en el compositor de impresión.