¿Hay alguna descripción detallada sobre la estructura de archivos .qgs en algún lugar?
Lo verifiqué en enlace y obtuve
La URL solicitada /qgis.dtd no se encontró en este servidor.
y en enlace que no fue muy detallado.
Parece que no hay. Según el informe de error # 4408 :
No es posible validar un proyecto de QGIS o un archivo de estilo con el llamado * .dtd (http://mrcc.com/qgis.dtd). Dos razones: la URL no existe y el uso de un * .dtd de SVN siempre devuelve un "no válido". Teniendo La posibilidad de validar podría disminuir los archivos de proyecto erróneos. Como tal es un deseo de funciones, pero siempre que QGIS mencione un * .dtd no trabajando, es un error.
Se presentó hace once meses y se actualizó por última vez hace ocho días. La versión de destino para corregir la versión 2.0.0 del error, también. Si hubiera alguna documentación detallada, entonces la habrían arreglado antes, creo.
El DTD en git está irremediablemente roto, <!ELEMENT maplayer ... >
tiene paréntesis desequilibrados, hay varios --- en los comentarios, varios tipos faltantes; y el informe de errores mencionado anteriormente ha estado inactivo durante 4 años.